У випадках відхилення рівня контамінації від норми слід переконатися, що в лабораторії дотримуються таких вимоги внутрішнього контролю якості:
належні якість, термін придатності, концентрації реагентів і розчинів;
приготований робочий розчин використовується впродовж 24 год;
pH розчинів і зразка після деконтамінації не перевищує 8,0;
термін експозиції з деконтамінуючим розчином не перевищує 20 хв;
розчини і живильні середовища стерильні;
належна якість стерилізації в автоклаві й сухожаровій шафі;
належна якість контрольного штаму M. fortuitum.
У разі будь-якого відхилення від задовільних показників деконтамінації слід проаналізувати отримані результати й можливі причини цього.
Якщо в період, за який зареєстровано відхилення рівня контамінації, результати внутрішнього контролю якості живильних середовищ, обладнання і внутрішнього контролю якості деконтамінації, проведеної з використанням тест-штаму, були задовільними, змін до методики деконтамінації не вносять, а спостерігають за рівнем контамінації під час використання нової партії середовища.
Якщо мають місце незадовільні результати внутрішнього контролю якості деконтамінації, негайно здійснюють заходи для підвищення якості методу.