Можливі причини хибнопозитивних результатів:
повторне використання контейнерів або предметних скелець;
розчин барвника приготований із використанням води, що містить сапрофітні мікобактерії;
використання непрофільтрованого розчину або забарвлюючого розчину, що зберігався впродовж тривалого часу;
недотримання методики фарбування мазків;
крос-контамінація КСБ внаслідок відсутності проміжків між сусідніми скельцями, що забарвлюються;
неадекватне знебарвлення;
неправильна інтерпретація результатів мікроскопії, коли внаслідок недоліку досвіду наявність у мазку кристалів погано профільтрованого барвника розцінюється як КСБ+;
поганий стан або погане налаштування мікроскопа;
контамінація імерсійної олії.
Можливі причини хибнонегативних результатів:
низька якість зразка мокротиння;
недостатній об’єм зразка мокротиння, узятого для підготовки мазка;
неправильний вибір грудочок мокротиння для приготування мазка;
порушення методики приготування мазка (занадто тонкий або товстий), погана його фіксація;
погана якість барвників;
недотримання методики приготування розчинів;
недостатній час експозиції із забарвлюючим розчином;
надмірне знебарвлення;
занадто сильне дофарбовування;
перегрівання в ході фарбування;
читання менше ніж 100 полів зору, хаотичний або недостатньо ретельний перегляд;
занадто тривала експозиція забарвлених мазків за денного освітлення;
занадто довгий інтервал між фарбуванням і читанням, особливо якщо мазки були погано забарвлені і не зберігалися в темряві.