Для збору діагностичного матеріалу повинні використовуватись спеціальні контейнери, які:
прозорі, виготовлені з ударостійкого і прозорого матеріалу, що не допускає протікання рідини та дозволяє оцінити кількість і якість зібраної проби, не відкриваючи кришки;
легко піддаються маркуванню і надійно зберігають його протягом періоду зберігання, транспортування та проведення дослідження;
мають кришки, що загвинчуються з ущільненням (не використовувати флаконів, що мають кришки, які щільно закупорють його: під час відкриття таких кришок у контейнері виникає розріджений простір, який призводить до утворення аерозолю, створюючи потенційну небезпеку внутрішньолабораторного зараження);
мають об’єм 30,0-50,0 мл;
мають широкий отвір для збору мокротиння (не менше ніж 30,0 мм у діаметрі), щоб пацієнт міг легко відокремлювати мокротиння всередину контейнера, не піддаючи забрудненню його зовнішню поверхню.
Використання таких контейнерів дає можливість оцінити якість і об’єм зібраного матеріалу, а в разі приготування мазків з нативного мокротиння - проводити відбір гнійних грудочок приготування мазка безпосередньо з контейнера, запобігаючи етапу виливання мокротиння в чашку Петрі, надзвичайно небезпечного через утворення аерозолю. У цьому разі ефективність прямої мікроскопії може не поступатися ефективності мікроскопії з осаду.