З метою вдосконалення якості бактеріоскопічних досліджень, виявлення та усунення недоліків у роботі конкретної лабораторії потрібно систематично щокварталу аналізувати отримані результати, враховуючи частоту одержання позитивних результатів. Завідувач лабораторією в довільній формі описує результати за квартал, зазначаючи частку доставлених неякісних проб мокротиння (слина), частку хворих, виявлених методом бактеріоскопії, кратність обстеження хворих тощо. Така інформація зберігається в лабораторії для внутрішньолабораторного контролю бактеріоскопії та своєчасного виявлення проблем.
Аналізуючи частоту одержання позитивних результатів, порівнюють загальну кількість досліджених проб від пацієнтів з підозрою на ТБ із кількістю позитивних результатів бактеріоскопії.
Причиною значних відхилень від попередніх показників роботи лабораторії (зменшення або збільшення кількості позитивних результатів) може бути як удосконалення роботи лікувального закладу в цілому щодо виявлення нових випадків ТБ, так і поява недоліків у роботі закладу: неправильний відбір пацієнтів на бактеріоскопічне обстеження, порушення правил збирання і транспортування клінічних зразків до лабораторії, неякісні барвники та реагенти, порушення лабораторних методик, високе навантаження персоналу лабораторії.
Особливу увагу слід звертати на випадки отримання позитивних результатів під час дослідження кількох послідовних мазків. Причиною може бути внутрішньолабораторне забруднення препаратів під час їх приготування, фарбування чи мікроскопії.