Технологія з використання картриджів Xpert MTB/RIF передбачає проведення двох видів внутрішнього контролю кожного дослідження:
контроль екстракції та ампліфікації ДНК проби, а також можливого пригнічення ПЛР;
контроль якості зондів. Цей контроль здійснюється автоматично до початку ПЛР і дає змогу оцінити регідратацію реагентів, наповнення ПЛР пробірки, її цілісність, стабільність барвника та гасителя.
Контроль екстракції на ампліфікації потрібний для гарантії правильності проведення тесту, містить висушені спори В. globigii та включений до кожного картриджу, що забезпечує верифікацію відповідності аналізу матеріалу на M. tuberculosis. Такий тест може підтвердити, що відбувся лізис M. tuberculosis (за їх наявності), і що аналіз проведений відповідно. Крім того, цей контроль виявляє інгібіцію ПЛР у реальному часі. Результат аналізу цього контролю має бути позитивним у разі отриманого негативного результату дослідження матеріалу і може бути негативним або позитивним у разі позитивного результату тестування клінічного матеріалу. Тест вважається пройденим, якщо результат задовольняє вказані валідовані критерії. Негативний результат дослідження не можна вважати достовірним за негативного результату тестування цього контролю.
Контроль якості зондів. Перед початком ПЛР прилад GeneXpert Dx вимірює інтенсивність вихідного рівня флуоресценції проби для оцінювання регідратації реагентів, наповнення пробірки, чистоти проби та стабільності барвника. Цей тест вважається пройденим, якщо результат задовольняє валідовані критерії.
Програмне забезпечення приладу дає змогу здійснювати моніторинг за результатами проходження зазначених внутрішніх контролів. Крім того, прилад дає змогу визначати інші помилки, що виникають під час виконання дослідження, і про всі помилки прилад сповіщає оператора. Таку інформацію слід аналізувати та вживати заходів для зменшення кількості помилок.