У процесі експлуатації кондиціонерів режим їх роботи ("Охолодження", "Обігрів" чи "Вентиляція") визначається залежно від температури навколишнього повітря та відповідно до інструкцій з експлуатації. Не допускається експлуатація хладонових систем кондиціонерів при температурі навколишнього повітря нижче +5 °С.
Кондиціонери під час роботи розміщуються за напрямком вітру так, щоб гази, які відпрацювали, з двигунів не потрапляли у всмоктувальні фільтри повітряної системи.
Під час експлуатації кондиціонерів особлива увага звертається на:
герметичність хладонових систем;
чистоту і своєчасне обслуговування фільтрів повітряної системи;
справність і працездатність систем автоматики, сигналізації і блокувань, запобіжних пристроїв і редукторів.