Внутрішньою службою керують начальники (командири) органів Держприкордонслужби. Безпосереднім організатором внутрішньої служби в органі Держприкордонслужби є заступник начальника (командира) - начальник штабу. За стан парку та організацію в ньому внутрішньої служби відповідає заступник начальника (командира) з озброєння та техніки.