Основними завданнями АБТЗ органів охорони державного кордону в умовах застосування сил і засобів для виконання спеціальних заходів є підтримка їх високої готовності до виконання завдань за призначенням, забезпечення ведення активних дій з утримання (поновлення) системи охорони державного кордону, знищення незаконних збройних формувань та диверсійно-розвідувальних груп у контрольованих прикордонних районах. При цьому основні зусилля зосереджуються на АБТЗ спеціальних заходів органів охорони державного кордону, пунктів пропуску через державний кордон і загрозливих напрямків поза межами пунктів пропуску.