Моніторинг водяного баласту суден на відповідність установленим санітарно-гігієнічним та екологічним вимогам здійснюється шляхом перевірки записів про стан баласту в баластних танках, унесених у суднові документи, і повідомлень капітана про баласт, узяття проб, аналізи води та осадів з баластних танків судна після прибуття судна в порт. Аналіз води на фізико-хімічні, бактеріологічні та паразитологічні показники проводиться відповідними установами та закладами державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті.
У разі виявлення у відібраних пробах суднових баластних вод небезпечних водних організмів, патогенних мікроорганізмів і шкідливих речовин відповідні установи та заклади з охорони навколишнього природного середовища та державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті за узгодженням залежно від конкретної ситуації приймають рішення про вжиття заходів щодо нейтралізації можливих небезпечних наслідків.
Одним з таких заходів є надання портом стаціонарних споруд чи пересувних засобів для збирання й обробки водяного баласту та осадів з ізольованих танків судна або проведення очищення та знешкодження баластної води на судні силами і засобами відділів профілактичної дезінфекції відповідних установ та закладів державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті.