Капітан судна безпосередньо є відповідальним за:
виконання судном міжнародних і національних вимог щодо запобігання забрудненню і занесенню в акваторію РВВШ небезпечних водних організмів, патогенних мікроорганізмів і шкідливих речовин;
зведення до мінімуму кількості водяного баласту, необхідного для забезпечення морехідних якостей судна, з метою зниження рівня ризику під час вантажних операцій і зменшення ймовірності забруднення РВВШ;
своєчасне оповіщення диспетчерської служби порту про проведення баластування або дебаластування судна;
безпеку судна під час проведення баластних операцій з урахуванням його остійності, характеристик міцності і конкретних експлуатаційних умов;
організацію дій командного і рядового складу екіпажу, які стосуються керування баластними операціями, відповідно до суднового плану;
призначення осіб командного складу відповідальними за керування баластними операціями і реєстрацію цих операцій у суднових документах;
дотримання екіпажем вимог експлуатації суднових баластних систем і баластних танків;
періодичне очищення від осадів ізольованих баластних танків шляхом застосування схвалених методів очищення, а також зачищення якірних ланцюгів, ланцюгових ящиків, баластних танків від мулу, який може містити патогенні організми, під час проведення ремонтних робіт і докування судна з обов'язковим проведенням бактеріологічного, фізико-хімічного і паразитологічного контролю фахівцями відповідних установ та закладів державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті;
надання необхідної допомоги представникам відповідних установ та закладів з охорони навколишнього природного середовища та державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті в разі проведення ними заходів контролю водяного баласту на судні;
одержання інформації від диспетчерської служби порту про причини або мету взяття проб водяного баласту на судні, участь суднового екіпажу в процедурі взяття проб, маркуванні взятих проб і належному зберіганні суднових екземплярів проб та одержання офіційних результатів аналізу цих проб;
сприяння представникам відповідних установ та закладів з охорони навколишнього природного середовища та державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті в разі вжиття надзвичайних заходів у випадку виявлення в судновому баласті небезпечних водних організмів, патогенних мікроорганізмів і шкідливих речовин.