Якщо встановлено, що якість баластної води не відповідає санітарно-гігієнічним та екологічним нормам щодо суднового ізольованого баласту (вміст речовин, щодо яких не встановлено граничнодопустимі концентрації речовин у водних об'єктах, та речовин, що перевищують граничнодопустимі концентрації речовин у водних об'єктах, наявність хвороботворних організмів тощо), то баластна вода за вказівкою відповідних установ та закладів з охорони навколишнього природного середовища та державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті здається на плавучі або стаціонарні пристрої порту для очищення і знешкодження.
Рішення щодо відповідності якості баластної води нормативам граничнодопустимих концентрацій речовин у водних об'єктах приймається відповідними установами та закладами державної санітарно-епідеміологічної служби на водному транспорті на підставі результатів аналізів проб баластної води, узятих з баластних танків.