Для запобігання забрудненню водяного баласту слід уникати прийняття баласту поблизу місць:
проведення робіт технічним флотом (днопоглиблення, русловиправлення, намивання тощо);
скидання берегових комунально-побутових і промислових стічних вод;
"цвітіння" води, яке спричинене масовим розвитком фітопланктону;
зараження акваторії шкідливими водними організмами і патогенними мікроорганізмами, уключаючи випадки виявлення осередків інфекційних захворювань, які розповсюджуються гідробіонтами;
підвищення концентрації шкідливих і завислих речовин унаслідок дії течій, шторму і малих глибин (мілководдя), коли виникає ймовірність скаламучення води гвинтом судна або захоплення мулу баластним насосом.