Перевірки організовуються та здійснюються як на плановій, так і на позаплановій основі.
Графіки перевірок складаються на півроку з урахуванням наявної в ДОДТЛ або ПОДТ інформації щодо стану обігу документів та інших матеріальних носіїв інформації, що містять службову інформацію, на об’єктах перевірки та пропозицій органів (підрозділів) СБУ, у сфері контррозвідувального забезпечення (далі - оперативні підрозділи) яких перебувають об’єкти перевірки, що надаються до 10 числа місяця, який передує плановому періоду.
Графіки перевірок затверджуються до 20 числа місяця, що передує плановому періоду:
у ЦУ СБУ - начальником ДОДТЛ;
у регіональному органі СБУ - начальником регіонального органу СБУ.