Під час проведення перевірки члени комісії мають право:
проводити бесіди та консультації з будь-якими працівниками організації, пропонувати надати їм письмові пояснення з питань, пов'язаних з обігом конфіденційної інформації, що є власністю держави;
ознайомлюватися з необхідними документами, справами та іншими матеріальними носіями конфіденційної інформації, що є власністю держави;
здійснювати перевірку фактичної наявності матеріальних носіїв конфіденційної інформації, що є власністю держави;
безперешкодного доступу для здійснення перевірки до приміщень, у яких провадяться роботи, пов'язані з конфіденційною інформацією, що є власністю держави, сховищ матеріальних носіїв цієї інформації, здійснювати їх огляд, перевіряти робочі місця працівників, яких допущено до роботи з документами;
подавати керівнику організації пропозиції щодо призначення службового розслідування за фактами розголошення конфіденційної інформації, що є власністю держави, та/або втрати її матеріальних носіїв, інших порушень обліку, зберігання та використання документів, а також ужиття невідкладних заходів з усунення цих порушень;
одержувати в установленому порядку від інших організацій матеріали, необхідні для проведення перевірки;
викладати в акті за результатами перевірки свою особисту думку щодо оцінки загального стану обігу документів в організації, що перевіряється.