При проведенні перевірок комісією вивчаються:
акти попередніх перевірок, матеріали службових розслідувань за фактами розголошення конфіденційної інформації, що є власністю держави, втрати її матеріальних носіїв (якщо мали місце такі факти), стан виконання викладених у них рекомендацій;
умови зберігання документів та роботи з ними;
порядок складання, оформлення, друкування, обліку, приймання, розсилання (відправлення), розмноження, використання, знищення, передачі документів на архівне зберігання;
особливості оброблення, зберігання, друкування документів з використанням автоматизованих систем;
порядок формування документів у справи, складання номенклатури справ, їх обліку та зберігання;
порядок поводження з мобілізаційними документами, яким надано гриф "Для службового користування";
порядок передачі документів за кордон;
фактична наявність матеріальних носіїв конфіденційної інформації, що є власністю держави;
порядок охорони конфіденційної інформації, що є власністю держави, під час прийому іноземних делегацій, груп та окремих іноземців.