Термін проведення перевірки визначається керівником ПОДТ, виходячи з виду перевірки, відомостей і пропозицій, наданих оперативним підрозділом, обсягів робіт, необхідних для вивчення в організації фактичного стану обігу конфіденційної інформації, що є власністю держави, відповідно до покладених на комісію завдань, і не може перевищувати десяти робочих днів.
У разі складності перевірки її термін на підставі мотивованих пропозицій керівника ПОДТ може бути продовжений за рішенням керівництва Служби безпеки України чи його органу до двадцяти робочих днів.