Перед початком перевірки ПОДТ проводить підготовчу роботу, під час якої вивчаються основні функції та особливості діяльності організації, пов'язані з конфіденційною інформацією, що є власністю держави, узагальнюються та аналізуються наявні матеріали щодо стану обігу такої інформації, а також визначаються напрями перевірки.