Взаємодія здійснюється:
на рівні центральних органів виконавчої влади - між МНС України та Адміністрацією Держприкордонслужби (через оперативне управління Департаменту охорони державного кордону);
на регіональному рівні - між головними управліннями (управліннями) МНС України в АР Крим, областях, містах Києві, Севастополі та регіональними управліннями, управліннями органів охорони державного кордону, загонами Морської охорони, органами забезпечення, навчальними закладами та науково-дослідними установами Державної прикордонної служби України;
на місцевому рівні - між підрозділами МНС України та розташованими за їх місцем дислокації органами (підрозділами) Державної прикордонної служби України.