Після одержання Міністерством охорони здоров'я клопотань вищезазначених місцевих органів виконавчої влади та підвідомчих закладів про виділення з Державного бюджету коштів на проведення протиепідемічних заходів відповідні управління Міністерства охорони здоров'я за дорученням керівництва розглядають подані матеріали й готують висновки. У разі визнання за доцільне виділення коштів у встановленому порядку видається наказ Міністерства охорони здоров'я України, в тижневий термін після підписання якого відповідними місцевими органами виконавчої влади (або за їх дорученням - Міністерством охорони здоров'я Автономної Республіки Крим, управліннями охорони здоров'я обласних, Київської і Севастопольської міських державних адміністрацій або республіканською санітарно-епідеміологічною станцією Автономної Республіки Крим, санітарно-епідеміологічними станціями областей, міст Києва та Севастополя, на водному, залізничному та повітряному транспорті) подається на затвердження Міністерству охорони здоров'я кошторис витрат на заходи боротьби з епідеміями або на проведення відповідних протиепідемічних та профілактичних заходів. Кошторис складається за формою єдиного кошторису доходів і видатків бюджетної установи, організації, затвердженою наказом Мінфіну від 19.02.98 N 38 ( z0130-98 ), зареєстрованим в Міністерстві юстиції 24.02.98 за N 130/2570. Видатки, передбачені в кошторисі, повинні бути обов'язково підтверджені детальними розрахунками й обгрунтуваннями. Затверджується кошторис Міністром охорони здоров'я, а в разі його відсутності - виконуючим обов'язки Міністра охорони здоров'я та погоджується з Міністром фінансів.
Затверджений у вищезазначеному порядку кошторис є підставою для перерахування територіальними органами Державного казначейства коштів на покриття відповідних витрат, пов'язаних із здійсненням заходів боротьби з епідеміями чи проведенням протиепідемічних та профілактичних заходів.
Виділення коштів на вказані заходи здійснюється Міністерством охорони здоров'я при розподілі лімітів поточного фінансування.
Органи виконавчої влади або Міністерство охорони здоров'я Автономної Республіки Крим, управління охорони здоров'я обласних, Київської і Севастопольської міських державних адміністрацій або республіканська санітарно-епідеміологічна станція Автономної Республіки Крим, санітарно-епідеміологічні станції областей, міст Києва та Севастополя на водному, залізничному та повітряному транспорті, яким затверджувались кошториси витрат на проведення протиепідемічних заходів, у загальновстановленому порядку в установлені строки здають Міністерству охорони здоров'я звіти (місячні, квартальні, річні) про використання виділених коштів. Міністерство охорони здоров'я включає їх до зведених звітів про використання коштів на утримання підвідомчих закладів охорони здоров'я та здійснення заходів з охорони здоров'я.