Рішення комісії оформляється протоколом, що підписується головою і секретарем комісії та набирає чинності з моменту затвердження протоколу керівником прокуратури. У протоколі зазначаються види документів, їх реєстраційні дані, заголовки та номери за номенклатурою чи описом справ, з яких знімається гриф «Для службового користування» або строк обмеження доступу до яких продовжено.
Витяг із протоколу або його засвідчена копія передається разом зі справами до архівного фонду (архіву) прокуратури, а в разі передачі документів НАФ на постійне зберігання - до державних архівних установ.