При зберіганні депонованих штамів мікроорганізмів враховуються індивідуальні особливості різних груп мікроорганізмів, їх видів і навіть штамів (заморожування, ліофілізація, зберігання при низьких температурах (-70, -196 гр.С), зберігання під шаром мінерального масла, в грунті тощо).
Для підвищення надійності зберігання депонованих штамів мікроорганізмів кожний штам має зберігатися не менше 30 років шляхом паралельного використання як мінімум двох способів.