Всі штами, що надходять до колекції, реєструються в спеціальному журналі обліку та реєстрації, який має суцільну нумерацію сторінок, прошнурований та скріплений печаткою. Записи в журналі ведуться на підставі паспорта, що заповнюється депозитором.
Інформація, яка заноситься до журналу обліку та реєстрації, є конфіденційною, а сам журнал є документом суворого обліку і підлягає збереженню в сейфі архіва Депозитарію (строк зберігання - 30 років) чи установи, при якій його створено.
Журнал обліку та реєстрації веде відповідальна особа, уповноважена Депозитарієм.