При втраті штаму мікроорганізму або його життєздатності, в тому числі у зв'язку з відсутністю методів його довгострокового зберігання, Депозитарій надсилає депозитору повідомлення із зазначенням причин втрати штаму та пропозицією зробити повторне депонування. Невиконання депозитором повторного депонування може призвести до анулювання патенту на винахід.
Повторне депонування потрібне також, якщо у Депозитарія виникли сумніви щодо відповідності штаму мікроорганізму, який знаходиться у депозитора, своєму початковому науковому опису і(або) таксономічному визначенню штаму мікроорганізму, який зберігається у Депозитарії.
Повторне депонування здійснюється також, якщо депозитором велись роботи щодо цілеспрямованих змін раніше депонованого штаму мікроорганізму, його ознак і(або) селекційного відбору його варіантів для подання заявки на винахід щодо використання зазначеного штаму за новим призначенням, при цьому у супровідному листі наводять дані про нове призначення штаму. В іншому випадку повторне депонування штаму мікроорганізму здійснювати недоцільно, а для подання заявки на винахід щодо використання раніше задепонованого штаму мікроорганізму за новим призначенням депозитор може звернутись до Депозитарія з проханням видати йому копію свідоцтва про первісне депонування штаму.
При повторному депонуванні до штаму мікроорганізму, який подається на депонування, додаються:
клопотання, в якому викладають причини здійснення повторного депонування і підтверджують, що повторно депонований штам мікроорганізму не зазнав змін і є таким, яким він був представлений для первісного (попереднього) депонування (додаток 8);
копія свідоцтва про первісне (попереднє) депонування;
копія останнього свідоцтва про життєздатність штаму мікроорганізму, який був об'єктом первісного (попереднього) депонування;
інші документи, що зазначені в п.4.1 цієї Інструкції.
Якщо повторне депонування штаму мікроорганізму здійснюється в тій самій колекції, що й попереднє депонування, клопотання про депонування та паспорт депонованого штаму мікроорганізму не додаються.