Депозитарій має право відмовити депозитору у прийнятті штаму мікроорганізму на депонування у таких випадках:
якщо штам не відноситься до напрямку діяльності Депозитарія;
якщо штам одержано від депозитора у стані, який свідчить про відсутність мікроорганізму, його нежиттєздатність, або є ознаки забруднення його іншими мікроорганізмами;
якщо неможливо технічно забезпечити специфічні умови та режим тривалого зберігання особливо цінних штамів мікроорганізмів.
При цьому депозитору надсилається повідомлення із зазначенням мотивів відмови у депонуванні, за підписом особи, яка уповноважена на це Депозитарієм. Особа, якій надано повноваження виступати від імені Депозитарія, призначається наказом керівника установи, при якій його створено.