Склад СКВК призначається кожного року наказом керівника відповідного підрозділу Держспецтрансслужби за поданням начальника медичної служби цього підрозділу та узгодженням з начальником структурного підрозділу в Адміністрації Держспецтрансслужби, до компетенції якого віднесені питання медичного забезпечення особового складу Держспецтрансслужби. До складу СКВК входять не менше двох представників медичної служби, представник командування (штабу), представник фінансово-економічної служби та профспілкової організації. Головою СКВК призначається начальник медичної служби.