Інкубаційний період при температурі води 10-15° C становить 1-2 тижні.
Для ІГН характерні гостра, хронічна та нервова форми перебігу хвороби. Першими клінічними ознаками ІГН незалежно від форми є анорексія та пригнічення, втрата реакції на зовнішні подразники. Інфікована риба набуває темного забарвлення, залягає на дно або навпаки, піднімається до поверхні води, переміщується до країв басейну або каналу, де течія слабша.
Гостра форма перебігу хвороби характеризується різкою масовою загибеллю інфікованої риби, при цьому перші особини можуть гинути без клінічних ознак захворювання. Клінічні ознаки під час гострої форми перебігу хвороби: екзофтальм, анемія зябер, точкові крововиливи в периокулярній сполучній тканині очей, у міжпроменевій тканині основи плавників, рідше - на черевці та позаду голови; збільшення черевця; в окремих хворих особин риби з анального отвору висять довгі слизоподібні тяжі сіруватого відтінку (інколи з домішками крові). У личинок спостерігаються множинні крововиливи в жовтковому мішку і гідроцефалія (набряклість на голові у вигляді шапки). Під час розтину виявляють такі патолого-анатомічні зміни: у порожнині тіла виявляють накопичення прозорого жовтуватого, а іноді кров'янистого ексудату, множинні петехіальні крововиливи в перивісцеральній жировій тканині, на черевці, стінках кишечника та плавального міхура, інколи в мускулатурі; печінка, нирки та селезінка - бліді та набряклі; шлунково-кишковий тракт вільний від корму, інколи наповнений слизоподібним вмістом молочно-білого кольору.
Хронічна форма перебігу хвороби характеризується менш вираженими клінічними ознаками та помірною, розтягнутою в часі загибеллю інфікованої риби.
Нервова форма перебігу хвороби, зазвичай, реєструється на завершальній стадії епізоотії в невеликої частини риби та характеризується порушенням поведінки інфікованої риби, а саме зміною фаз підвищеного збудження та пригнічення. Як правило, у разі нервової форми захворювання в інфікованої риби немає клінічних ознак, за винятком більш темного забарвлення тіла. Нервова форма перебігу ІГН зумовлена враженням центральної нервової системи, а збудник захворювання нерідко може бути виявлений тільки в головному мозку інфікованої риби.
Незалежно від форми перебігу захворювання в інфікованої риби можуть проявлятися лише ті чи інші ознаки захворювання, у той час, коли весь перелік наведених вище клінічних ознак зустрічається вкрай рідко. У 1-5 % перехворілої риби розвивається викривлення хребта.