За несвоєчасну поставку продукції в рахунок єдиного податку (затримку) платники податку сплачують пеню у розмірі 0,3 відсотка недопоставленого обсягу сільськогосподарської продукції за кожний день прострочення.
За несвоєчасне перерахування заготівельними та переробними підприємствами і організаціями коштів на рахунок відповідного відділення Державного казначейства України, на території якого запроваджується експеримент, ці підприємства та організації сплачують пеню у розмірі 120 відсотків облікової ставки Національного банку України, що діяла на день виникнення заборгованості, за кожний день прострочення до повного її повернення.
На посадових осіб, винних у несвоєчасному поданні розрахунків і звітів до податкових органів у районах запровадження експерименту, накладається штраф від 5 до 10 неоподатковуваних мінімумів доходів громадян, а якщо таке порушення допущено вдруге протягом року з дня скоєння першого - від 10 до 15 неоподатковуваних мінімумів доходів громадян.