До повноважень Кабінету Міністрів України у сфері захисту рослин належить:
здійснення державної політики;
здійснення державного контролю;
забезпечення розроблення і виконання загальнодержавних і міждержавних цільових програм із захисту рослин;
запровадження на території України особливого режиму захисту рослин у разі масового розвитку і поширення особливо небезпечних шкідливих організмів;
керівництво зовнішніми зв'язками України;
виконання інших функцій відповідно до законів України.