Фінансування та матеріально-технічне забезпечення спеціально уповноважених органів виконавчої влади у сфері захисту рослин здійснюються за рахунок коштів Державного бюджету України, а також надходжень за виконання робіт, пов'язаних із захистом рослин (навчання працівників, які безпосередньо виконують роботи із захисту рослин, надання консультативних, інших послуг, виготовлення і реалізація біологічних засобів захисту рослин, аналітичні дослідження пестицидів щодо відповідності сертифікату якості тощо), за договорами з підприємствами, установами, організаціями усіх форм власності та громадянами, за рахунок інших не заборонених законами України надходжень.