Спеціально уповноваженими органами виконавчої влади у сфері захисту рослин є:
Головне управління державної служби захисту рослин (Головна державна інспекція захисту рослин) Міністерства агропромислового комплексу України, державні станції захисту рослин Автономної Республіки Крим, областей і районів. Начальник Головного управління державної служби захисту рослин (Головної державної інспекції захисту рослин) одночасно за посадою є Головним державним інспектором захисту рослин України, а його заступники - заступниками Головного державного інспектора захисту рослин України.
Начальники державних станцій захисту рослин одночасно за посадою є головними державними інспекторами захисту рослин Автономної Республіки Крим, області, району, а їх заступники - заступниками головних державних інспекторів захисту рослин Автономної Республіки Крим, області, району.
Організаційна структура спеціально уповноважених органів виконавчої влади у сфері захисту рослин затверджується Міністерством агропромислового комплексу України.
У містах та інших населених пунктах, на територіях та об'єктах природно-заповідного фонду, у лісопаркових частинах зелених зон, захисних лісових насадженнях у смугах відводу залізниць та автомобільних доріг захист рослин здійснюють підрозділи захисту рослин підприємств, установ та організацій, у власності чи користуванні яких вони знаходяться.