Спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань охорони здоров'я у сфері захисту населення від інфекційних хвороб:
розробляє, затверджує і вводить у дію санітарно-протиепідемічні правила і норми, методи обстеження та лікування хворих, діагностики та профілактики інфекційних хвороб, інші нормативно-правові акти;
здійснює нагляд за додержанням підприємствами, установами, організаціями незалежно від форм власності та громадянами законодавства у сфері захисту населення від інфекційних хвороб, контролює виконання вимог санітарно-протиепідемічних правил і норм;
здійснює відповідно до законодавства державну реєстрацію, контроль за виробництвом, якістю, забезпеченням належного режиму зберігання, реалізацією та використанням медичних імунобіологічних препаратів, їх ефективністю, безпечністю і відповідністю вимогам вітчизняних та міжнародних стандартів;
встановлює методи випробувань дезінфекційних засобів, контролю відповідності їх вимогам стандартів, інших нормативних документів, регламентує їх застосування;
веде статистичний облік інфекційних хвороб;
координує проведення закладами охорони здоров'я, установами та закладами державної санітарно-епідеміологічної служби, науково-дослідними установами, що належать до сфери його управління, заходів, спрямованих на санітарну охорону території України;
аналізує і прогнозує епідемічну ситуацію в Україні та в окремих регіонах, розробляє обгрунтовані пропозиції, спрямовані на профілактику та зниження рівня інфекційних хвороб і поліпшення епідемічної ситуації, вносить їх в установленому законодавством порядку на розгляд Кабінету Міністрів України;
встановлює допустимі рівні забруднення мікроорганізмами та іншими біологічними чинниками харчових продуктів і продовольчої сировини, води, грунту, інших об'єктів середовища життєдіяльності людини;
організовує проведення наукових досліджень, спрямованих на зниження рівня інфекційних хвороб, поліпшення епідемічної ситуації, підвищення ефективності протиепідемічних заходів;
бере участь у формуванні державних замовлень на виробництво лікарських засобів, медичних імунобіологічних препаратів та дезінфекційних засобів, необхідних для здійснення профілактичних і протиепідемічних заходів, а також на підготовку фахівців з профілактики та лікування інфекційних хвороб;
забезпечує створення, зберігання та своєчасне оновлення необхідного запасу лікарських засобів, медичних імунобіологічних препаратів, дезінфекційних засобів тощо на випадок епідемій;
здійснює міжвідомчу координацію та забезпечує взаємодію з іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади у сфері захисту населення від інфекційних хвороб;
погоджує проекти нормативно-правових актів спеціально уповноважених центральних органів виконавчої влади з питань оборони, внутрішніх справ, охорони державного кордону, Служби безпеки України, якими встановлюється порядок проведення профілактичних і протиепідемічних заходів у межах підпорядкованих зазначеним центральним органам виконавчої влади територій, об'єктів, частин і підрозділів;
організовує гігієнічне навчання населення з питань запобігання виникненню та поширенню інфекційних хвороб, а також забезпечує медичні служби міністерств, інших центральних і місцевих органів виконавчої влади, установи державної санітарно-епідеміологічної служби періодичною інформацією про епідемічну ситуацію в Україні та у світі, щорічно інформує їх про прийняті санітарно-протиепідемічні правила та інші нормативно-правові акти у сфері захисту населення від інфекційних хвороб;
вирішує інші питання у межах повноважень, визначених законом.