Центральне управління Служби безпеки України;
підпорядковані йому регіональні органи;
органи військової контррозвідки;
навчальні, наукові, науково-дослідні та інші заклади, установи, організації і підприємства Служби безпеки України;
Служба урядового зв'язку.
Для забезпечення виконання покладених на Службу безпеки України завдань у Центральному управлінні Служби безпеки України та підпорядкованих йому органах відповідно до закону створюються і діють функціональні підрозділи:
контррозвідки;
захисту національної державності;
контррозвідувального захисту економіки держави;
боротьби з корупцією та організованою злочинністю;
боротьби з тероризмом і захисту учасників кримінального судочинства та працівників правоохоронних органів;
досудового слідства;
охорони державної таємниці;
оперативно-технічних заходів;
оперативного документування;
спеціальних телекомунікаційних систем та захисту інформації;
організаційного, інформаційно-аналітичного, кадрового, правового, господарського, фінансового та інших видів забезпечення оперативно-службової діяльності Служби безпеки України.
При Службі безпеки України функціонує Антитерористичний центр.
Організаційну структуру Служби безпеки України затверджує Президент України.