Органами управління спеціальних (вільних) економічних зон незалежно від їх типу є:
а) місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації в межах своїх повноважень;
б) орган господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони, що створюється за участю суб'єктів економічної діяльності України та іноземних суб'єктів такої діяльності. Функції цього органу може бути покладено на одного із суб'єктів економічної діяльності спеціальної (вільної) економічної зони.
Державне регулювання діяльності спеціальної (вільної) економічної зони здійснюють органи державної виконавчої влади України, до компетенції яких входить контроль за додержанням вимог законодавства України на території, де створено спеціальну (вільну) економічну зону.
Судові, арбітражні та інші правоохоронні органи, а також органи контролю за додержанням екологічних, санітарних та інших норм керуються при здійсненні своїх функцій чинним законодавством України, за винятками, передбаченими законодавчим актом про конкретну спеціальну (вільну) економічну зону.
Орган господарського розвитку і управління та суб'єкти економічної діяльності спеціальної (вільної) економічної зони є самостійними у здійсненні своєї діяльності стосовно органів державного управління України, за винятками, передбаченими законодавчими актами України.
Органи державного управління України не несуть відповідальності за дії органу господарського розвитку і управління та суб'єктів економічної діяльності спеціальної (вільної) економічної зони, якщо інше не передбачено законодавчим актом про створення спеціальної (вільної) економічної зони або договором між ними. Орган господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони та зазначені суб'єкти не несуть відповідальності за дії органів державного управління України.
Органи господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони не несуть відповідальності за дії місцевих Рад народних депутатів та місцевих державних адміністрацій. Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації не несуть відповідальності за дії органу господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони та суб'єктів економічної діяльності спеціальної (вільної) економічної зони, якщо інше не передбачено законом про створення спеціальної (вільної) економічної зони або договором між ними.