Структура, функції та повноваження органів управління спеціальної (вільної) економічної зони визначаються залежно від її типу, розмірів, кількості працівників та/або мешканців на території спеціальної (вільної) економічної зони.
Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації здійснюють свої повноваження на території спеціальної (вільної) економічної зони з урахуванням специфіки її статусу, визначеної законом про її створення.