Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації, на території яких розташована спеціальна (вільна) економічна зона, здійснюють свої повноваження на території зони у повному обсязі, якщо законодавчими актами про створення спеціальних (вільних) економічних зон не передбачено інше. Крім того, до сфери повноважень місцевих Рад народних депутатів та місцевої державної адміністрації належить:
внесення пропозицій щодо змін у статусі спеціальної (вільної) економічної зони в порядку, встановленому чинним законодавством;
вирішення разом з органами державної виконавчої влади, суб'єктами економічної діяльності та профспілковими організаціями спеціальної (вільної) економічної зони питань, пов'язаних із специфікою правового та фінансового забезпечення, соціального захисту громадян України, які проживають на території зазначеної зони.
До сфери повноважень місцевих Рад народних депутатів та місцевих державних адміністрацій також належить укладення з органом господарського розвитку спеціальної (вільної) економічної зони генеральної угоди про передачу в її користування земельних ділянок, об'єктів інфраструктури, розташованих на цій території, та природних ресурсів.
Місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації, на території яких розташована спеціальна (вільна) економічна зона, можуть мати своїх представників у керівництві органу господарського розвитку і управління спеціальної (вільної) економічної зони.