Головний державний санітарний лікар України:
а) затверджує державні санітарні норми, регламенти використання небезпечних факторів, гранично допустимі концентрації, орієнтовно безпечні рівні хімічних і біологічних чинників у харчових продуктах, предметах та виробах, у воді, повітрі, грунті, а також встановлює норми радіаційної безпеки та допустимі рівні впливу на людину інших фізичних факторів;
б) визначає вимоги щодо комплексу заходів санітарної охорони державних кордонів України, контролює і координує діяльність органів виконавчої влади, місцевого самоврядування з цих питань;
в) вносить на затвердження відповідно до чинного законодавства проекти законодавчих актів з питань забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя населення;
г) затверджує разом з центральним органом виконавчої влади в галузі економіки та центральним органом виконавчої влади з питань фінансів методики визначення ступенів ризику для здоров'я населення, що створюються небезпечними факторами;
д) дає обов'язкові для розгляду висновки щодо проектів міждержавних, національних і галузевих програм з питань забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя населення, профілактики захворювань та контролює їх виконання;
е) видає розпорядчі документи щодо організації та здійснення державного санітарно-епідеміологічного нагляду в Україні;
є) визначає порядок ведення державного обліку інфекційних і професійних захворювань, отруєнь;
ж) погоджує основні напрями фундаментальних і прикладних досліджень у галузі гігієни та епідеміології;
з) погоджує проекти норм проектування, стандартів і технічних умов, розміщення продуктивних сил та інші проекти, що можуть вплинути на здоров'я населення;
и) погоджує норми навчально-трудового навантаження, режими навчання та виховання дітей і підлітків у навчально-виховних закладах;
і) встановлює разом з Державним комітетом України по нагляду за охороною праці перелік робіт, для виконання яких є обов'язковими медичні огляди, а також порядок їх проведення;
ї) затверджує перелік інфекційних захворювань, за яких госпіталізація хворих є обов'язковою, а також перелік виробництв (професій), до роботи в яких не допускаються особи, які хворіють інфекційними хворобами, є носіями збудників інфекційних захворювань або яким не зроблено щеплення проти визначених інфекційних захворювань;
й) застосовує передбачені законодавством заходи для припинення порушень санітарного законодавства;
к) погоджує методи контролю і випробувань продукції щодо її безпеки для здоров'я і життя населення;
л) погоджує інструкції (правила) використання продукції підвищеної небезпеки;
м) погоджує перелік установ, організацій, закладів, яким надається право випробування продукції на відповідність вимогам безпеки для здоров'я;
( Пункт "н" частини першої статті 40 виключено на підставі Закону N 3037-III ( 3037-14 ) від 07.02.2002 )
о) у разі введення в Україні чи в окремих її місцевостях надзвичайного стану вносить до Кабінету Міністрів України обгрунтоване подання для прийняття рішення про встановлення карантину, в якому зазначаються: період і межі території його встановлення; перелік проведення необхідних профілактичних, протиепідемічних та інших заходів, які можуть бути проведені у зв'язку з введенням режиму надзвичайного стану і встановленням карантину, їх виконавці; вичерпно визначені тимчасові обмеження прав фізичних і юридичних осіб, додаткові обов'язки, що покладаються на них. ( Частину першу статті 40 доповнено пунктом "о" згідно із Законом N 2788-III ( 2788-14 ) від 15.11.2001 )
Головний державний санітарний лікар України, крім повноважень, передбачених цією статтею, має також повноваження, передбачені статтею 41 цього Закону. Він може делегувати свої повноваження заступникам головного державного санітарного лікаря України повністю або частково.