Взаємодія, а також розмежування сфер діяльності, повноважень і відповідальності між органами державної санітарно-епідеміологічної служби та іншими уповноваженими законом органами, що здійснюють державний нагляд і контроль, забезпечується відповідно до нормативно-правових актів, що визначають їх компетенцію.
Органи державної санітарно-епідеміологічної служби співпрацюють з державними органами і громадськими організаціями, діяльність яких спрямована на профілактику захворювань, охорону здоров'я людини та навколишнього середовища, захист прав громадян на безпечні умови їх життєдіяльності.