Державну санітарно-епідеміологічну службу України очолює головний державний санітарний лікар України - перший заступник Міністра охорони здоров'я України, який призначається на посаду і звільняється з неї Кабінетом Міністрів України.
Головний державний санітарний лікар України з питань державного санітарно-епідеміологічного нагляду підзвітний безпосередньо Кабінету Міністрів України.
Керівництво державною санітарно-епідеміологічною службою Республіки Крим здійснює головний державний санітарний лікар Республіки Крим, який за посадою є заступником Міністра охорони здоров'я Республіки Крим. Він призначається на посаду і звільняється з неї головним державним санітарним лікарем України за погодженням з Радою Міністрів Республіки Крим.
Керівництво державною санітарно-епідеміологічною службою області, міст Києва і Севастополя здійснює головний державний санітарний лікар відповідної території, який за посадою є заступником глави обласної (міської) державної адміністрації. Він призначається на посаду і звільняється з неї головним державним санітарним лікарем України за погодженням з відповідною обласною, Київською і Севастопольською міською державною адміністрацією.
Керівництво державною санітарно-епідеміологічною службою на водному, залізничному, повітряному транспорті здійснюється головним державним санітарним лікарем відповідного виду транспорту, який призначається на посаду і звільняється з неї головним державним санітарним лікарем України.
Державну санітарно-епідеміологічну службу в районі, місті, районі в місті очолює головний державний санітарний лікар відповідної адміністративної території, який призначається на посаду і звільняється з неї відповідно головним державним санітарним лікарем Республіки Крим, області, міст Києва і Севастополя, міста з районним поділом.
Організація державної санітарно-епідеміологічної служби на водному, залізничному та повітряному транспорті забезпечується за лінійним принципом. Керівництво державною санітарно-епідеміологічною службою на лінійних підрозділах та об'єктах транспорту здійснюють головні державні санітарні лікарі, які призначаються на посаду і звільняються з неї головним державним санітарним лікарем відповідного виду транспорту.
Державну санітарно-епідеміологічну службу об'єктів з особливим режимом роботи очолюють головні державні санітарні лікарі цих об'єктів, які призначаються на посаду і звільняються з неї головним державним санітарним лікарем України.
Державну санітарно-епідеміологічну службу Міністерства оборони України, Міністерства внутрішніх справ України, Державного комітету у справах охорони державного кордону України, Національної гвардії України, Служби безпеки України очолює головний державний санітарний лікар цього міністерства (відомства), який призначається на посаду і звільняється з неї керівником відповідного міністерства (відомства) за погодженням з головним державним санітарним лікарем України. ( Частина дев'ята статті 32 із змінами, внесеними згідно із Законом N 2171-III ( 2171-14 ) від 21.12.2000 )
Головний державний санітарний лікар Міністерства оборони України, Міністерства внутрішніх справ України, Державного комітету у справах охорони державного кордону України, Національної гвардії України, Служби безпеки України в загальних питаннях підпорядковується безпосередньо керівникові відповідного міністерства (відомства), а в питаннях державного санітарно-епідеміологічного нагляду - головному державному санітарному лікарю України. ( Частина десята статті 32 із змінами, внесеними згідно із Законом N 2171-III ( 2171-14 ) від 21.12.2000 )
Головні державні санітарні лікарі вказаних міністерств і відомств призначають на посаду і звільняють з неї головних державних санітарних лікарів підпорядкованих цим міністерствам і відомствам територій, з'єднань, частин та підрозділів.
Посадові особи державної санітарно-епідеміологічної служби Міністерства охорони здоров'я України здійснюють свої повноваження на відповідних адміністративних територіях та об'єктах, а посадові особи державної санітарно-епідеміологічної служби інших міністерств і відомств - на підпорядкованих їм територіях і об'єктах, а також у підрозділах відповідно до цього Закону і Положення про державний санітарно-епідеміологічний нагляд в Україні, інших актів законодавства.