Для забезпечення виконання покладених на Комісію завдань нею утворюються на чолі з відповідними національними координаторами такі робочі групи:
робоча група з політичних та економічних питань;
робоча група з питань оборони та військових питань;
робоча група з питань ресурсів (фінансів);
робоча група з питань безпеки;
робоча група з правових питань.
У складі робочих груп мають бути представлені:
робочої групи з політичних та економічних питань - Міністерство економіки України, Міністерство закордонних справ України, Міністерство оборони України, Міністерство освіти і науки України, Міністерство палива та енергетики України, Міністерство юстиції України, Служба безпеки України, Державний комітет телебачення та радіомовлення України, Державна служба експортного контролю України, Апарат Ради національної безпеки і оборони України, а також Центральна виборча комісія (за згодою);
робочої групи з питань оборони та військових питань - Міністерство внутрішніх справ України, Міністерство закордонних справ України, Міністерство економіки України, Міністерство оборони України, Міністерство промислової політики України, Міністерство транспорту та зв'язку України, Міністерство України з питань надзвичайних ситуацій та у справах захисту населення від наслідків Чорнобильської катастрофи, Міністерство фінансів України, Служба безпеки України, Служба зовнішньої розвідки України, Адміністрація Державної прикордонної служби України, Апарат Ради національної безпеки і оборони України;
робочої групи з питань ресурсів (фінансів) - Міністерство економіки України, Міністерство закордонних справ України, Міністерство оборони України, Міністерство праці та соціальної політики України, Міністерство промислової політики України, Міністерство фінансів України, Міністерство юстиції України, Державна митна служба України, Державна податкова адміністрація України, Державний комітет фінансового моніторингу України, Апарат Ради національної безпеки і оборони України, а також Національний банк України (за згодою);
робочої групи з питань безпеки - Міністерство закордонних справ України, Міністерство оборони України, Міністерство юстиції України, Служба безпеки України, Служба зовнішньої розвідки України, Державна служба спеціального зв'язку та захисту інформації України, Апарат Ради національної безпеки і оборони України;
робочої групи з правових питань - Міністерство закордонних справ України, Міністерство оборони України, Міністерство юстиції України, Адміністрація Державної прикордонної служби України, Апарат Ради національної безпеки і оборони України.
Пропозиції щодо персонального складу робочих груп готують відповідні національні координатори на підставі пропозицій керівників органів, що мають бути представлені у складі таких робочих груп.
Персональний склад робочих груп затверджується Комісією за поданням відповідних національних координаторів.
Порядок роботи робочих груп визначається Комісією.