Комісія утворюється у складі голови, його заступника, секретаря, інших членів, які беруть участь у її роботі на громадських засадах.
Головою Комісії є за посадою Міністр закордонних справ України.
Заступником голови Комісії є Національний координатор з питань партнерства України з Організацією Північноатлантичного договору у сфері зовнішньої політики та економіки.
Членами Комісії є інші національні координатори, а також представники Адміністрації Президента України, Секретаріату Кабінету Міністрів України та Апарату Ради національної безпеки і оборони України.
Секретарем Комісії є за посадою директор департаменту євроатлантичного співробітництва і нових викликів Міністерства закордонних справ України.
Персональний склад Комісії затверджується Президентом України.