Основними завданнями Комісії є:
проведення моніторингу, аналіз та оцінка стану партнерства України з Організацією Північноатлантичного договору, зокрема у рамках річних національних програм, індивідуальних програм, галузевих планів партнерства, планів заходів щодо виконання річних національних програм;
забезпечення узгодженої діяльності національних координаторів з питань партнерства України з Організацією Північноатлантичного договору (далі - національні координатори);
підготовка та внесення в установленому порядку пропозицій Президентові України щодо дальшого розвитку конструктивного партнерства України з Організацією Північноатлантичного договору з усіх питань, які становлять взаємний інтерес, оптимізації механізму забезпечення узгодженої діяльності центральних органів виконавчої влади, інших державних органів у цій сфері, розроблення проектів нормативно-правових актів України з цих питань, підготовка висновків щодо доцільності прийняття таких нормативно-правових актів.