Основними функціями головного центру з ліцензування є:
організаційно-методичне та нормативно-інструктивне забезпечення процесу ліцензування учасників інвестиційної діяльності, що виконують спеціальні види робіт у проектуванні та будівництві;
акредитація регіональних центрів з ліцензування;
встановлення переліку видів робіт, що потребують обов'язкової експертизи щодо можливості їх виконання;
контроль за діяльністю регіональних центрів з ліцензування, експертних комісій та учасників інвестиційної діяльності щодо дотримання ліцензійних вимог;
розгляд заяв і видача ліцензій учасникам інвестиційної діяльності, які провадять або мають намір провадити свою діяльність за межами України, а також підприємствам з іноземними інвестиціями та іноземним учасникам інвестиційної діяльності;
розгляд і прийняття рішень із спірних питань, пов'язаних з відмовою у видачі ліцензій, призупинення дії чи анулюванням ліцензій, виданих регіональними центрами;
перереєстрація ліцензій, виданих регіональними центрами з ліцензування, у разі, коли це необхідно для реалізації положень міждержавних угод про взаємне визнання ліцензій; забезпечення виконання інших робіт, передбачених зазначеними угодами;
ведення єдиного банку даних з ліцензійної діяльності;
видання інформаційного бюлетеня про видачу ліцензій учасникам інвестиційної діяльності;
підготовка пропозицій про внесення змін і доповнень до Переліку спеціальних видів робіт у проектуванні та будівництві, що потребують атестації виконавця.