Головна державна податкова інспекція України виконує такі функції:
1) проводить безпосередньо і організовує роботу державних податкових інспекцій, пов'язану з:
здійсненням контролю за дотриманням законодавства про податки, інші платежі до бюджетів і внески до державних цільових фондів, законності валютних операцій, порядку розрахунків із споживачами з використанням контрольно-касових апаратів і товарно-касових книг, лімітів готівки в касах та за її використанням для розрахунків за товари, роботи, послуги;
проведенням всебічних перевірок фактів приховування, заниження сум податків та інших платежів;
виявленням, обліком, оцінкою та реалізацією конфіскованого, безхазяйного майна, майна, що перейшло за правом успадкування до держави, та скарбів;
проведенням перевірок правильності справляння і схоронності коштів, одержаних у сплату державного мита, а також у разі здійснення виконавчими комітетами сільських і селищних Рад народних депутатів касових операцій щодо приймання від населення коштів на сплату податкових платежів;
2) розробляє і видає інструктивні та методичні документи про порядок застосування законодавчих актів про податки, інші платежі до бюджетів, внески до державних цільових фондів;
3) затверджує форми податкових розрахунків, звітів, декларацій та інших документів, пов'язаних з обчисленням і сплатою податків, інших платежів до бюджетів, внесків до державних цільових фондів, а також форми звітів про проведену державними податковими інспекціями роботу;
4) роз'яснює через засоби масової інформації порядок застосування законодавчих та інших нормативно-правових актів про податки, інші платежі до бюджетів, внески до державних цільових фондів і організовує проведення цієї роботи державними податковими інспекціями;
5) здійснює заходи щодо добору, розстановки, професійної підготовки та перепідготовки кадрів державної податкової служби;
6) подає державним податковим інспекціям методичну і практичну допомогу в організації роботи, проводить обстеження та перевірки її стану;
7) організовує роботу щодо створення інформаційної системи, автоматизованих робочих місць та інших засобів автоматизації та комп'ютеризації робіт державних податкових інспекцій;
8) розробляє основні напрями, форми і методи проведення податкових перевірок, визначає завдання та повноваження підрозділів податкових розслідувань державних податкових інспекцій, координує і контролює їх діяльність;
9) під час здійснення, у межах своєї компетенції, контрольних функцій з'ясовує неправомірність дій підприємств, установ, організацій і громадян, що можуть свідчити про злочинну діяльність або створювати умови для такої діяльності, та передає наявну інформацію з цих питань відповідним спеціальним органам по боротьбі з організованою злочинністю;
10) передає правоохоронним органам матеріали по фактах правопорушень, за які передбачено кримінальну відповідальність;
11) подає Міністерству фінансів України звіт про надходження податків, інших платежів до бюджетів, внесків до державних цільових фондів;
12) розробляє пропозиції щодо міжурядових угод про уникнення подвійного оподаткування доходів і майна та попередження податкових ухилень.