Державна податкова служба діє при Міністерстві фінансів України і підпорядковується йому.
Державні податкові інспекції по Республіці Крим, областях, районах, містах і районах у містах підпорядковуються вищестоящим державним податковим інспекціям.
Державні податкові інспекції співпрацюють з фінансовими органами, установами банків, судами та арбітражними судами, Службою безпеки України, органами внутрішніх справ і прокуратури, а також державною контрольно-ревізійною службою, іншими контролюючими органами.