Контроль за діяльністю Прикордонних військ України здійснюється Президентом України.
Постійний контроль за дотриманням законодавства України в діяльності Державного комітету у справах охорони державного кордону України, управлінь, з'єднань і частин Прикордонних військ України та конституційних прав громадян здійснюється Президентом України.
Голова Державного комітету у справах охорони державного кордону України систематично інформує Президента України, Раду національної безпеки України з основних питань своєї діяльності. Порядок подання такої інформації встановлюється Президентом України.
Голова Державного комітету у справах охорони державного кордону України щорічно подає Президенту України письмовий звіт про діяльність Прикордонних військ України.