Карантин тварин у місцях виникнення карантинних захворювань встановлюється та скасовується рішенням Уряду Автономної Республіки Крим, державної адміністрації області, міст Києва та Севастополя, району, міста на відповідних територіях, у господарствах і дворах за поданням відповідного державного органу ветеринарної медицини, а в межах однієї або кількох областей - рішенням Кабінету Міністрів України за поданням Державного департаменту ветеринарної медицини.
Про встановлення карантину тварин, його продовження та зняття Головний державний інспектор ветеринарної медицини України повідомляє Міжнародне епізоотичне бюро, а у разі виникнення карантинних хвороб, спільних для тварин і людей, - Головного державного санітарного лікаря України.
Перелік карантинних захворювань затверджується Кабінетом Міністрів України.
Карантин тварин встановлюється протягом доби після виявлення карантинних захворювань.
Попередні карантинні обмеження до прийняття рішення щодо встановлення карантину можуть бути введені приписом головного державного інспектора ветеринарної медицини району, міста, області або їх заступниками.
Орган, що прийняв рішення про встановлення карантину тварин, негайно повідомляє про це населення, а також підприємства, установи та організації, розташовані в карантинній зоні, і відповідні органи виконавчої влади суміжних районів та областей.
У рішенні про встановлення карантину вказується на обставини, що сприяли виникненню карантинного захворювання, визначаються межі карантинної та загрозливої зони, спеціальні ветеринарно-санітарні заходи, спрямовані на локалізацію і ліквідацію вогнищ небезпечних інфекційних захворювань тварин, а також тимчасові обмеження прав фізичних і юридичних осіб та покладаються на них додаткові обов'язки і затверджується план локалізації, ліквідації та профілактики захворювання.
Обов'язковому профілактичному карантину підлягають також усі тварини, які надходять у господарства для поповнення стада. Такі тварини утримуються в період карантину окремо у спеціально відведених, ізольованих місцях (карантинних пунктах) і піддаються ветеринарно-санітарному обстеженню, після закінчення якого з дозволу державного інспектора ветеринарної медицини допускаються в загальне стадо.
Тварини, що завозяться з-за кордону, підлягають профілактичному карантину в карантинному пункті під наглядом спеціалістів ветеринарної медицини протягом певного періоду, який визначається законодавством.