До компетенції органів управління державної ветеринарної медицини належить:
контроль, координація та організація заходів щодо профілактики, діагностики, лікування та ліквідації інфекційних, інвазійних і незаразних хвороб тварин;
оцінка епізоотичної ситуації та видача обов'язкових до виконання розпоряджень щодо здійснення профілактики і ліквідації заразних хвороб, дератизації, дезинфекції та інших заходів;
контроль за виробництвом доброякісних у ветеринарному і санітарному відношенні продуктів і сировини тваринного походження;
здійснення на ринках ветеринарно-санітарної експертизи продуктів і сировини тваринного і рослинного походження;
організація разом з органами охорони здоров'я захисту населення від хвороб, спільних для людей і тварин, та здійснення взаємного обміну інформацією про зазначені хвороби;
контроль за охороною території України від занесення з територій інших країн інфекційних хвороб тварин; перевірка ветеринарного стану тварин, продуктів, сировини тваринного походження і кормів під час експорту-імпорту;
оцінка ветеринарно-санітарного стану м'ясо- і молокопереробних підприємств, боєнь, цехів, тваринницьких ферм, ярмарків, ринків, складських приміщень для зберігання сировини і продуктів тваринного походження, кормів і засобів їх транспортування;
аналіз причин захворювання на заразні та незаразні хвороби і падежу тварин та птиці, розроблення рекомендацій їх профілактики;
виключне право на проведення ветеринарно-санітарної експертизи м'яса і продуктів забою на м'ясокомбінатах, бойнях, у цехах та на інших переробних підприємствах і ринках;
ветеринарно-санітарний та екологічний контроль за харчовими продуктами тваринного і рослинного походження;
відбір зразків сировини і матеріалів, а також продуктів (продукції), що виробляються чи реалізуються, для проведення відповідних досліджень. Порядок відбору зразків визначається Кабінетом Міністрів України;
контроль і координація діяльності відомчої служби ветеринарної медицини і спеціалістів ветеринарної медицини;
видача органам страхування висновків на тварин, вимушено забитих або загиблих;
експертиза проектів планування та будівництва тваринницьких ферм, будівель, підприємств по забою і переробці тварин і сировини тваринного походження; участь у роботі робочих і державних комісій з прийняття в експлуатацію збудованих тваринницьких об'єктів, підприємств по забою і переробці тварин і сировини тваринного походження; проектів відведення земельних ділянок для всіх видів зазначеного будівництва і забору води для тварин;
заборона експлуатації або тимчасове припинення діяльності тваринницьких об'єктів, підприємств по забою і переробці тварин та сировини тваринного походження у разі порушення ветеринарних норм і правил;
проведення лабораторно-клінічних (вірусологічних, бактеріологічних, хіміко-токсикологічних, патологоанатомічних, гістологічних, паразитологічних, радіологічних та інших) досліджень з метою діагностики хвороб тварин, оцінки продуктів та сировини тваринного походження, кормів і води.
До виключної компетенції Державного департаменту ветеринарної медицини належить:
реєстрація засобів захисту тварин та кормових добавок, видача висновків щодо застосування засобів ветеринарної медицини та затвердження нормативно-технічних документів щодо їх виробництва і застосування;
ведення Державної реєстраційної книги засобів захисту тварин;
здійснення контролю за виробництвом і використанням засобів захисту тварин, кормових добавок, оцінка їх впливу на здоров'я тварин, якість продуктів і сировини тваринного походження;
встановлення норм виробничого навантаження спеціалістів ветеринарної медицини;
затвердження ветеринарно-санітарних правил та інших нормативних актів з питань ветеринарної медицини;
оперативний перерозподіл коштів, що виділяються з державного бюджету на проведення протиепізоотичних заходів, між органами та установами системи державної ветеринарної медицини;
повідомлення Міжнародному епізоотичному бюро про встановлення карантину тварин, про його термін та про зняття;
встановлення обмежень або заборони на експорт чи імпорт тварин, харчових продуктів та сировини тваринного походження, сільгосппродуктів із окремих країн або регіонів у зв'язку з виникненням особливо небезпечних хвороб тварин, у тому числі спільних для тварин і людей;
представлення інтересів ветеринарної медицини України в межах повноважень, наданих йому Кабінетом Міністрів України відповідно до законодавства.