Контроль та моніторинг за реалізацією проектів технологічних парків здійснює центральний орган виконавчої влади з питань науки в установленому Кабінетом Міністрів України порядку.
Технологічні парки, їх учасники та спільні підприємства здійснюють окремий бухгалтерський та податковий облік операцій, пов'язаних з реалізацією проектів технологічних парків.
Суми цільових субсидій, зараховані на спеціальний рахунок технологічного парку, їх учасників та спільних підприємств і використані не за призначенням, підлягають стягненню до Державного бюджету України.
У разі нецільового використання ввезених на територію України матеріалів, устаткування, обладнання, комплектуючих та інших товарів, не для потреб реалізації проектів технологічних парків, суми ввізного мита та податку на додану вартість, що нараховуються згідно з митним законодавством України та відповідно до Закону України "Про податок на додану вартість" ( 168/97-ВР ), підлягають стягненню до Державного бюджету України. При цьому платник податку зобов'язаний збільшити податкові зобов'язання за наслідками податкового періоду, в якому відбулося таке порушення, на суму ввізного мита та податку на додану вартість, що мала бути сплачена при ввезенні на територію України таких товарів, а також сплатити пеню, нараховану на таку суму податків, виходячи з 120 відсотків облікової ставки Національного банку України, що діяла на день збільшення податкового зобов'язання, за період їх нецільового використання.
Відповідальність за нецільове використання ввезених на територію України матеріалів, устаткування, обладнання, комплектуючих та інших товарів, а також коштів цільових субсидій, зарахованих на спеціальні рахунки технологічних парків, їх учасників та спільних підприємств, несуть керівники технологічних парків, їх учасників та спільних підприємств згідно із законом.
У разі якщо при реалізації проектів технологічних парків виявлені порушення технологічними парками, їх учасниками та спільними підприємствами вимог статті 7 цього Закону, державна реєстрація таких проектів технологічних парків скасовується за рішенням центрального органу виконавчої влади з питань науки. При цьому технологічні парки, їх учасники та спільні підприємства - виконавці таких проектів зобов'язані за наслідками податкового періоду, на який припадає скасування державної реєстрації проектів технологічного парку, збільшити свої податкові зобов'язання на суму зарахованих на спеціальний рахунок коштів цільових субсидій з дати виникнення такого порушення до дати прийняття рішення про скасування державної реєстрації проекту технологічного парку, а також сплатити пеню, нараховану на зазначену суму, виходячи з 120 відсотків облікової ставки Національного банку України, що діяла на день збільшення податкового зобов'язання.