До повноважень Головної державної інспекції з карантину рослин України належить:
1) визначення відповідно до закону порядку ввезення, вивезення та використання рослин і рослинних продуктів, у тому числі за погодженням з карантинними службами інших держав, відповідно до міжнародних договорів України;
2) вивчення видового складу, біології та екології карантинних організмів, розробка прогнозу їх поширення з метою запобігання ввезенню;
3) розробка проектів нормативно-правових актів у сфері карантину рослин;
4) ведення обліку і надання інформації щодо поширення карантинних організмів;
5) проведення фітосанітарної експертизи підкарантинних матеріалів та об'єктів;
6) видача відповідно до закону карантинних дозволів;
7) внесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження (скасування) карантинного режиму;
8) внесення пропозицій щодо проведення науково-дослідних робіт з карантину рослин до спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики, Української академії аграрних наук та інших науково-дослідних установ;
9) здійснення відповідно до закону контролю за додержанням законодавства про карантин рослин, у тому числі при ввезенні з-за кордону рослин і рослинних продуктів;
10) пропаганда знань з карантину рослин;
11) державний контроль за проведенням карантинних заходів;
12) контроль за проведенням фумігаційними загонами Державної служби з карантину рослин України, підприємствами, установами та організаціями незалежно від форми власності знезараження підкарантинних матеріалів та об'єктів, які переміщуються через державний кордон України та карантинні зони;
13) призначення і звільнення з посад керівників державних інспекцій з карантину рослин (їх заступників) Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва і Севастополя.
Проведення огляду, обстеження, аналізу, знезараження та інспектування (оформлення карантинного дозволу) підкарантинних матеріалів та об'єктів і проведення спільних досліджень з карантинними службами інших країн щодо встановлення відповідності (невідповідності) підкарантинних матеріалів та об'єктів фітосанітарним вимогам здійснюються відповідно до закону.
Державна служба з карантину рослин України для виконання своїх повноважень взаємодіє із Службою безпеки України, Міністерством внутрішніх справ України, Державним комітетом у справах охорони державного кордону України, Державною митною службою України, місцевими державними адміністраціями.