Спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади з питань аграрної політики в межах повноважень та відповідно до закону:
видає нормативно-правові акти у сфері карантину рослин;
забезпечує здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
призначає і звільняє з посади керівника та заступників керівника Головної державної інспекції з карантину рослин України;
затверджує перелік карантинних організмів;
здійснює інші повноваження з управління у сфері карантину рослин.